Die Pasta in reichlich Salzwasser al dente kochen. Abgiessen, kurz mit kaltem Wasser abschrecken und beiseitestellen.
Olivenöl in einer Pfanne erhitzen. Zwiebel glasig dünsten, Knoblauch kurz mitziehen lassen. Tomatenpüree dazugeben, kurz anrösten. Gehackte Tomaten hinzufügen, umrühren. Mit Salz, Pfeffer und der schwarzen Schokolade (siehe Tipp) abschmecken. Kräuter dazugeben.Den Sugo 10–15 Minuten sanft köcheln lassen, bis er leicht eindickt. Ricotta in eine Schüssel geben.Zitronenzeste, Zitronensaft, Parmesan und Olivenöl dazugeben. Mit Salz und Pfeffer abschmecken und alles cremig verrühren.
Ofen auf 180 °C (Ober-/Unterhitze) vorheizen. Den Tomatensugo in eine Auflaufform (ca. 33 × 25 cm) geben.Die Conchiglioni mit der Ricottamasse füllen (geht gut mit einem Löffel). Gefüllte Muscheln dicht nebeneinander auf den Sugo setzen. Zum Schluss grosszügig mit Parmesan bestreuen.
Im Ofen ca. 20–25 Minuten backen, bis alles heiss ist und die Oberfläche leicht golden wird.
Aus dem Ofen nehmen, kurz stehen lassen. Mit frisch geschnittenem Basilikum bestreuen. Form direkt auf den Tisch stellen.